ExoIII(ExonucleaseIII)和Lambda核酸外切酶(λExonuclease)在DNA末端處理上的主要不同點如下:1.**作用方向**:-**ExoIII**:具有3'→5'外切脫氧核糖核酸酶活性,它從DNA鏈的3'-OH末端逐步切去單核苷酸。-**Lambda核酸外切酶**:是一種5'→3'核酸外切酶,能選擇性地沿5'→3'方向消化5'端磷酸化的雙鏈DNA。2.**底物特異性**:-**ExoIII**:適底物是平末端或5'末端突出的DNA,但也可以作用于雙鏈DNA切刻位點產生單鏈缺口。由于對單鏈DNA無活性,因此難以切割3'突出末端。-**Lambda核酸外切酶**:適底物是5'磷酸化的雙鏈DNA,對單鏈DNA和5'端未磷酸化修飾的DNA的酶切活性較低,不能從DNA的切刻或缺口處起始消化。3.**活性差異**:-**ExoIII**:對具有3'-突出末端(至少有4個堿基,且具有3'-末端C殘基)的DNA、單鏈DNA、硫代磷酸酯連接的核苷酸無活性。-**Lambda核酸外切酶**:對5'-OH端的切割速度比5'-P端慢約20倍;對單鏈DNA的酶切速度比雙鏈DNA慢約100倍。4.**應用場景**:-**ExoIII**:可以用于生產特定方向的單鏈DNA,將線性化DNA設計成為一端為不切割末端(3'突出端),另一端則設計為易切割末端(平端或5'突出端)。
CUT&RUN和ChIC是兩種用于研究蛋白質-DNA相互作用的技術,它們有一些關鍵的區(qū)別:1.**技術原理**:-**ChIC(ChromatinImmunocleavage)**:ChIC技術利用抗體將感興趣的蛋白與ProteinA-MNase相結合來進行DNA切割。ChIC的優(yōu)勢在于使用TF特異性抗體系住MNase,并只在結合位點裂解。-**CUT&RUN(CleavageUnderTargetsandReleaseUsingNuclease)**:CUT&RUN技術則是在核的輕微MNase處理后釋放單核小體和TF-DNA復合物,留下寡核小體。CUT&RUN通過在冰上進行簡短的消化反應,在TF結合的MNase擴散到周邊的基因組和裂解可接近的染色質之前在上清中恢復TF-DNA復合物。2.**操作步驟和簡便性**:-**ChIC**:ChIC可能需要甲醛固定操作,這可能重新引入了ChIP-seq的一些問題,如交聯(lián)導致的DNA和蛋白質的化學修飾。-**CUT&RUN**:CUT&RUN簡化了操作步驟,使用磁珠固定細胞核,適用于新鮮和冷凍組織樣本,縮短了生成DNA測序文庫的時間(1-2天)。3.**背景信號和信噪比**:-**ChIC**:ChIC產生的背景信號可能較高,因為它可能涉及到非特異性的DNA切割。
磁珠法PCR/DNA純化試劑盒在科研中的應用非常廣,主要包括以下幾個方面:1.**PCR產物的純化**:磁珠法試劑盒可以從PCR反應液中回收不同片段大小的DNA,有效去除酶、dNTP、鹽類等雜質,回收率高,產物純度好,可以直接應用于PCR、連接、測序、NGS建庫等下游實驗。2.**基因組DNA的提取**:適用于從血液、唾液、口腔拭子和動物組織等樣品中分離純化高質量基因組DNA,提取的DNA片段大,純度高,質量穩(wěn)定可靠,適合高通量工作站的自動化提取。3.**質粒DNA的提取**:磁珠用于從粗制的提取物中分離質粒DNA,通過精心優(yōu)化的溶液將質粒DNA從基因組DNA和蛋白質中分離出來。4.**DNA片段的分離**:有許多類型的DNA分離試劑盒可供選擇,包括DNA片段的分離。DNA片段可能需要為下一代測序協(xié)議進行分離,在這種情況下,可以用能選擇分子大小的磁珠來分離片段。5.**自動化和高通量操作**:磁珠法試劑盒適合手工操作,也可用于自動化工作站或核酸自動提取儀,實現(xiàn)高通量操作。6.**分子生物學研究**:磁珠法試劑盒在基因組研究、分子進化研究等領域有廣泛應用,為遺傳病研究、篩查等提供了強有力的技術支持。
牛痘DNA拓撲異構酶I(VacciniaVirusDNATopoisomeraseI)與細菌DNA拓撲異構酶的主要區(qū)別如下:1.**來源不同**:-牛痘DNA拓撲異構酶I來源于牛痘病毒,是一種真核生物病毒中的酶。-細菌DNA拓撲異構酶則來源于原核生物,如大腸桿菌的ω蛋白等。2.**功能特性**:-牛痘DNA拓撲異構酶I能夠解旋DNA的超螺旋結構,并且識別并切割雙鏈DNA末端[5’C(T)CCTT],與DNA形成共價連接形成穩(wěn)定復合物,遇到DNA的5’-OH基團后,重新連接形成完整DNA鏈。-細菌DNA拓撲異構酶,如大腸桿菌的ω蛋白,主要功能是催化DNA鏈斷開和結合的偶聯(lián)反應,以改變DNA的拓撲結構。3.**活性條件**:-牛痘DNA拓撲異構酶I即使在Mg2+不存在的條件下也顯示活性。-細菌DNA拓撲異構酶可能需要Mg2+等金屬離子作為輔因子來發(fā)揮活性。4.**作用的DNA鏈**:-牛痘DNA拓撲異構酶I能使正負兩方的超螺旋分子均形成松散型。-原核生物由來的DNA拓撲異構酶I只作用負鏈的超螺旋分子。5.**共價鍵形成**:-牛痘DNA拓撲異構酶I與DNA形成共價連接,此酯鍵中所貯存的能量可能在切斷端的再結合上起著作用。-細菌DNA拓撲異構酶在原核生物中是游離型的5′-OH末端扣3′-磷酸末端與酶形成共價鍵。
Cpf1是一種新發(fā)現(xiàn)的類2/型V CRISPR-Cas DNA內切酶,在不同系統(tǒng)中顯示出一系列的活性。
qPCR(定量聚合酶鏈式反應)檢測結果的準確性可能受到多種因素的影響,以下是一些關鍵因素:1.**引物和探針設計**:引物和探針的設計質量對qPCR的成功至關重要。不合適的引物設計可能導致低特異性或效率低的PCR反應。引物的選擇應考慮引物的長度、Tm值(解離溫度)和GC含量,以確保其適用于特定的核酸模板。2.**模板質量和純度**:模板的質量和純度直接影響qPCR的結果。污染或降解的模板可能導致偏差或虛假陽性結果。使用質量高、純度高的DNA或RNA樣本是確保準確和可靠的qPCR結果的關鍵。3.**反應條件和緩沖液**:PCR反應條件,包括溫度、離子濃度和緩沖液成分,必須嚴格控制。溫度梯度、離子濃度的變化或緩沖液成分的誤配可能會影響PCR效率。4.**反應容器和耗材**:反應管、微孔板、封閉膜等反應容器和耗材的質量也會影響qPCR結果。低質量的材料可能導致樣本丟失或反應失效。5.**標準曲線和校準**:標準曲線的準備和校準非常重要。不正確的標準曲線可能導致定量結果的不準確性。確保標準曲線中包含適當?shù)膶φ諛悠罚⑹褂镁€性擬合來生成準確的定量數(shù)據。6.**環(huán)境條件**:實驗室溫度、濕度和空氣質量都可以影響qPCR實驗的結果。不穩(wěn)定的環(huán)境條件可能導致實驗結果的不穩(wěn)定性。盡管Ultra-Long Master Mix設計用于長片段擴增,但在某些情況下,可能出現(xiàn)非特異性擴增,需要通過優(yōu)化引物。Recombinant Mouse P-Selectin/CD62P Protein,His Tag
與Taq DNA Polymerase不同,Pfu DNA Polymerase產生的PCR產物為平滑末端,無3'端"A"突出。Recombinant Cynomolgus M-CSF/CSF-1 Protein,His Tag
在PCR實驗中,為了避免引物與已知序列的交叉反應,從而確保實驗的特異性,以下是一些關鍵的引物設計原則和策略:1.**選擇高保守性區(qū)域**:引物比較好設計在模板cDNA的保守區(qū)內,這樣可以確保引物與目標序列的特異性結合。通過比較不同物種的同一基因序列,可以確定基因的保守區(qū)。2.**避免引物與非目標序列的同源性**:設計引物時,應避免與基因組中的重復序列、假基因或高同源性區(qū)域設計引物??梢酝ㄟ^BLAST等工具對引物進行同源性分析,確保引物只與目標序列結合。3.**引物長度和GC含量**:引物長度一般在15-30堿基之間,常用的是18-27bp。GC含量一般為40%-60%,以45-55%為宜。過高或過低的GC含量都不利于引發(fā)反應,上下游引物的GC含量和Tm值應保持接近。4.**避免引物的3'端錯配**:引物3'端的堿基應嚴格要求配對,特別是倒數(shù)第二個堿基,以避免因末端堿基不配對而導致PCR失敗。引物3'端比較好不要選擇A,比較好選擇T,因為當末位鏈為T時,錯配的引發(fā)效率降低。5.**避免引物自身及引物之間的互補序列**:引物自身不應存在互補序列,否則引物自身會折疊成發(fā)夾結構,影響引物與模板的復性結合。前后引物之間也不應具有互補性,尤其應避免3'端的互補重疊以防止引物二聚體的形成。Recombinant Cynomolgus M-CSF/CSF-1 Protein,His Tag