在PCR實驗中,為了避免引物與已知序列的交叉反應(yīng),從而確保實驗的特異性,以下是一些關(guān)鍵的引物設(shè)計原則和策略:1.**選擇高保守性區(qū)域**:引物比較好設(shè)計在模板cDNA的保守區(qū)內(nèi),這樣可以確保引物與目標(biāo)序列的特異性結(jié)合。通過比較不同物種的同一基因序列,可以確定基因的保守區(qū)。2.**避免引物與非目標(biāo)序列的同源性**:設(shè)計引物時,應(yīng)避免與基因組中的重復(fù)序列、假基因或高同源性區(qū)域設(shè)計引物??梢酝ㄟ^BLAST等工具對引物進行同源性分析,確保引物只與目標(biāo)序列結(jié)合。3.**引物長度和GC含量**:引物長度一般在15-30堿基之間,常用的是18-27bp。GC含量一般為40%-60%,以45-55%為宜。過高或過低的GC含量都不利于引發(fā)反應(yīng),上下游引物的GC含量和Tm值應(yīng)保持接近。4.**避免引物的3'端錯配**:引物3'端的堿基應(yīng)嚴格要求配對,特別是倒數(shù)第二個堿基,以避免因末端堿基不配對而導(dǎo)致PCR失敗。引物3'端比較好不要選擇A,比較好選擇T,因為當(dāng)末位鏈為T時,錯配的引發(fā)效率降低。5.**避免引物自身及引物之間的互補序列**:引物自身不應(yīng)存在互補序列,否則引物自身會折疊成發(fā)夾結(jié)構(gòu),影響引物與模板的復(fù)性結(jié)合。前后引物之間也不應(yīng)具有互補性,尤其應(yīng)避免3'端的互補重疊以防止引物二聚體的形成。去泛素化酶(Deubiquitinating enzymes, DUBs)可以去除泛素化蛋白上的泛素鏈,使泛素分子得以回收和再利用。Recombinant Cynomolgus TIM-1/HAVCR1 Protein,His Tag
蛋白A-微球菌核酸酶(pA-MNase)是一種特殊的融合蛋白,它結(jié)合了蛋白A和微球菌核酸酶(MNase,MicrococcalNuclease)的特性。以下是pA-MNase的一些關(guān)鍵特點和應(yīng)用:1.**融合表達產(chǎn)物**:pA-MNase是蛋白A與微球菌核酸酶MNase的融合表達產(chǎn)物,因此它同時具有ProteinA的抗體結(jié)合活性和MNase的核酸內(nèi)切酶活性。2.**雙重功能**:由于其雙重功能,pA-MNase常用于蛋白質(zhì)-DNA相互作用研究,特別是在ChIC(ChromatinImmunocleavage)和CUT&RUN(CleavageUnderTargetsandReleaseUsingNuclease)技術(shù)中。3.**ProteinA的特性**:ProteinA是一種發(fā)現(xiàn)于金黃色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)的細胞壁表面蛋白,分子量為42kDa,能特異性地與哺乳動物免疫球蛋白(Immunoglobulin,Ig)結(jié)合,通常結(jié)合部位為免疫球蛋白的Fc區(qū)。4.**微球菌核酸酶(MNase)的特性**:MNase是一種核酸內(nèi)切酶,能夠降解核酸,常用于降解蛋白質(zhì)制備中存在的核酸,減少細胞裂解液的粘度,以及用于染色質(zhì)結(jié)構(gòu)分析和快速RNA測序。5.**反應(yīng)條件**:MNase的反應(yīng)條件包括1XMicrococcalNucleaseReactionBuffer,需要補充100μg/ml重組白蛋白,分子生物學(xué)級,并在37°C下孵化。Recombinant Cynomolgus Serum Albumin Protein,His Tag在cDNA末端快速擴增(RACE)技術(shù)中,Ultra-Long Master Mix 可以用來擴增5'和3'末端的長片段cDNA。
T5核酸外切酶在基因編輯中確實有應(yīng)用,并且具有一些優(yōu)勢:1.**提高編輯效率**:根據(jù)一篇研究文章,T5核酸外切酶可以與CRISPR/Cas系統(tǒng)共表達或融合,以提高基因編輯的效率。這種共表達或融合可以增加indel(插入和缺失)頻率,盡管增加的幅度可能不大。2.**增強基因編輯效果**:在另一項研究中,通過使用螺旋-螺旋二聚體肽(coiled-coilpeptides)將T5核酸外切酶招募到Cas9或Cas12a蛋白上,可以提高基因編輯的效率,這種方法被稱為CCExo(CRISPR-Coiled-coil-Exonuclease)。這種招募方式優(yōu)于共表達和直接融合,其中強的親和力CC對顯示出高的突變頻率和刪除長度。3.**應(yīng)用于多種細胞類型**:CCExo系統(tǒng)在多種細胞系和原代細胞中都能有效地提高基因失活效率,并且在慢性髓性白血?。–ML)患者的原代細胞以及異種移植動物模型中展示了其應(yīng)用潛力,這表明CCExo方法可能成為CML和其他遺傳性疾病的潛在選擇。T5核酸外切酶與CRISPR核酸酶蛋白進行融合,并引入了核定位信號(NLS)序列以構(gòu)建表達載體,用于基因編輯。綜上所述,T5核酸外切酶在基因編輯中的應(yīng)用可以增強編輯效率和效果,尤其是在與CRISPR/Cas系統(tǒng)結(jié)合使用時。
在PCR實驗中,除了BsuDNAPolymerase,還有幾種聚合酶適合高溫擴增,包括:1.**TaqDNAPolymerase**:這是常用的PCR聚合酶,來源于Thermusaquaticus,能夠在72°C的比較好活性溫度下工作。它具有良好的熱穩(wěn)定性,可以承受PCR的熱變性步驟,且中途不需要再添加酶。2.**PfuDNAPolymerase**:來源于Pyrococcusfuriosus,具有出色的熱穩(wěn)定性和3'→5'外切酶活性,提供校正功能,適用于對PCR保真性要求較高的實驗,如基因篩選、克隆表達、突變檢測、定點突變等。3.**VentDNAPolymerase**:來源于Litoralis棲熱球菌,具有3'→5'外切酶活性,可以去除錯配的堿基,具有校對功能,保真度比TaqDNAPolymerase高5~15倍。4.**KODDNAPolymerase**:來自Thermococcuskodakaraensis,具有高保真性和高熱穩(wěn)定性,保真性比PfuDNAPolymerase更高,優(yōu)化后的PCR反應(yīng)緩沖液能使得其擴增速度達到Taq酶的2倍、Pfu酶的5-6倍。5.**BstDNAPolymerase**:來源于Bacillusstearothermophilus,具有3'到5'外切割活性,適用于等溫擴增反應(yīng),如LAMP技術(shù),可在恒溫下進行DNA擴增,無需繁瑣的溫度循環(huán)。E1通常被認為是泛素化過程中的限速步驟,因為它涉及到泛素的激起和ATP的水解。
BloodGenomicDNAIsolationKitwithMagneticBeads是一種利用磁珠技術(shù)從血液中提取基因組DNA的試劑盒。以下是一些關(guān)鍵特點和應(yīng)用:1.**高效提取**:該試劑盒采用特殊的磁珠和緩沖體系,能夠快速且高效地從100μl至1ml的血液中分離和純化高質(zhì)量的基因組DNA。2.**磁珠特性**:獨特的磁珠具有很強的核酸親和力,在特定條件下可以快速分離和純化核酸。這些磁珠對磁場響應(yīng)迅速,使得提取過程既安全又便捷。3.**提取過程**:血液樣本在裂解液和蛋白酶K的作用下迅速裂解,釋放出的基因組DNA與磁珠特異性結(jié)合。通過磁分離架的作用,磁珠與溶液快速分離,經(jīng)過洗滌去除雜質(zhì),用洗脫液將基因組DNA從磁珠上洗脫下來。4.**應(yīng)用廣**:提取的基因組DNA可用于多種分子生物學(xué)實驗,如PCR擴增、酶切、基因分型、Southern雜交、高通量測序、基因組DNA文庫構(gòu)建等。5.**操作簡便**:整個抽提過程大約需要50分鐘,操作簡便,無需使用有毒有害的有機試劑,如酚或氯仿,提高了實驗的安全性。6.**高純度和高回收率**:提取的DNA純度高,A260/A280通常在1.7-1.9之間,表明蛋白和RNA的污染低?;厥章释ǔ3^80%。
泛素連接酶E3識別特定的靶蛋白,并促進E2上的泛素轉(zhuǎn)移到靶蛋白的賴氨酸殘基上,形成泛素化標(biāo)記。Recombinant Cynomolgus TIM-1/HAVCR1 Protein,His Tag
在比較BstDNA聚合酶和TaqDNA聚合酶對于復(fù)雜DNA片段擴增的適用性時,以下是一些關(guān)鍵點:1.**TaqDNA聚合酶**:-TaqDNA聚合酶因其高熱穩(wěn)定性和擴增效率而被應(yīng)用于常規(guī)PCR。它擴增速度為30-60秒/kb,缺乏3'→5'核酸外切酶活性,無校正功能,易產(chǎn)生錯配堿基。-對于結(jié)構(gòu)復(fù)雜的模板,如GC含量高、有二級結(jié)構(gòu)等,TaqPlus可以用于擴增,能有效地擴增10kb以下的片段。-有產(chǎn)品如TitaniumTaqDNA聚合酶,它是通過基因工程改造的Taq酶,缺失了5'-3'外切酶活性,具備更強大的擴增性能,適合擴增高度復(fù)雜的DNA混合物。2.**BstDNA聚合酶**:-BstDNA聚合酶具有高適溫度,能夠適應(yīng)更加苛刻的擴增條件,同時消除DNA二級結(jié)構(gòu),因而能夠準(zhǔn)確并且均勻地擴增全基因組序列。-BstDNA聚合酶大片段能夠優(yōu)先擴增短片段的DNA,并且能夠確保擴增得到的DNA覆蓋了整個基因組,連貫并且無偏地擴增所有的遺傳位點。-翌圣生物HieffCanace®PlusHigh-FidelityDNAPolymerase基于PfuDNA聚合酶改造而成,其保真性是Taq酶的83倍,Pfu酶的9倍,擴增速度高達10秒/kb,擴增目的片段長達13kb,具有極強的擴增效率的模板適應(yīng)性,非常適合復(fù)雜模板的高保真擴增。