場(chǎng)景3：方法學(xué)開(kāi)發(fā)及驗(yàn)證關(guān)于機(jī)制或表型雜亂的疾病，挑選之前開(kāi)發(fā)適宜的挑選模型是試驗(yàn)的重中之重，化合物庫(kù)可以用于新開(kāi)發(fā)挑選模型的驗(yàn)證。如Jong-ChanPark等科學(xué)家報(bào)道的一個(gè)根據(jù)信號(hào)網(wǎng)絡(luò)的高效阿爾茨海默病(AD)藥物挑選渠道，提出了數(shù)學(xué)建模和人類(lèi)iCO相結(jié)合的精細(xì)醫(yī)療策略[4]。為了建立該渠道，作者團(tuán)隊(duì)進(jìn)行了三個(gè)過(guò)程：(i)從AD參與者中生成iPSC衍生的類(lèi)組織(iCO)(源于11名參與者的1300個(gè)類(lèi)組織被用于藥物評(píng)估渠道)。(ii)經(jīng)過(guò)對(duì)神經(jīng)元分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的剖析，提出了考慮神經(jīng)元?jiǎng)討B(tài)的分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)數(shù)學(xué)模型，進(jìn)行了根據(jù)體系生物學(xué)的AD路徑數(shù)學(xué)模擬(包括信令網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、網(wǎng)絡(luò)模型驗(yàn)證、操控節(jié)點(diǎn)識(shí)別等過(guò)程)。(iii)使用該挑選渠道對(duì)MCEFDA庫(kù)中的可透過(guò)血腦屏障化合物進(jìn)行挑選,并經(jīng)過(guò)高內(nèi)涵挑選(HCS)成像體系定量AD發(fā)病程度,驗(yàn)證了所建立的挑選模型的可行性，并得到一系列在AD醫(yī)治方面具有潛在使用價(jià)值的藥物。藥物篩選的定義與效果。中藥化合物庫(kù)篩藥

較早的抗體藥物根據(jù)雜交瘤技能，涉及動(dòng)物免疫和細(xì)胞交融等過(guò)程，制備周期長(zhǎng)、批間差異大。1985年，Smith創(chuàng)始了噬菌體展現(xiàn)技能，具體是將外源蛋白質(zhì)的DNA序列插入到噬菌體外殼蛋白的一個(gè)基因上，使外源基因跟著外殼蛋白的表達(dá)而表達(dá)，終究蛋白以與外殼蛋白交融的方式展現(xiàn)在噬菌體外表。被展現(xiàn)的蛋白或者多肽能夠保持相對(duì)的空間結(jié)構(gòu)和生物活性，因此能夠利用靶蛋白對(duì)其進(jìn)行挑選。噬菌體外表展現(xiàn)技能直接略過(guò)了動(dòng)物免疫和細(xì)胞交融過(guò)程，抗體來(lái)歷能夠跨越物種，還能夠進(jìn)一步應(yīng)用于抗體親和力老練等，具有更加高效和高通量的特點(diǎn)。采用該技能已成功開(kāi)發(fā)了全人源的抗體藥物即阿達(dá)木單抗。中藥篩選活性成分方法化合物處理技能是讓規(guī)劃的篩選渠道作業(yè)的根底。

在過(guò)去的十年中，表型挑選在藥物發(fā)現(xiàn)中再次變得越來(lái)越重要，其實(shí)際成果是測(cè)定和挑選級(jí)聯(lián)變得越來(lái)越雜亂，從而限制了可以挑選的化合物的數(shù)量。迭代挑選可以減少整體篩查化合物的數(shù)量，節(jié)省化合物庫(kù)存，縮短時(shí)間表和成本，更重要的是在進(jìn)行大規(guī)模篩查之前先驗(yàn)證或優(yōu)化測(cè)定方式。在經(jīng)典的HTS中，一切化合物均經(jīng)過(guò)測(cè)驗(yàn)，化合物在平板篩板上的散布對(duì)成果影響不大。但是在迭代多樣性驅(qū)動(dòng)的子集挑選中（如NIBR所實(shí)踐），正確的分配對(duì)于取得合理的成果至關(guān)重要。

目前已知氨基酸序列的蛋白質(zhì)分子約有2.1億個(gè)，但到RCSBPDB上錄入的被實(shí)驗(yàn)解析的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)只有18,1295個(gè)，不到蛋白質(zhì)總數(shù)的0.1%。究其根本，通過(guò)X射線衍射、核磁共振或冷凍電鏡等方法獲得蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，哪個(gè)不耗時(shí)費(fèi)力、需要很多資金投入？另，計(jì)算機(jī)猜測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)有諸多限制，SWISS-MODEL要求序列同源性>30%，I-TASSER要求序列能穿到現(xiàn)有結(jié)構(gòu)，ROBETTA要求氨基酸序列<200。全國(guó)苦“蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)”久矣！直到AlphaFold2橫空出世。AlphaFold2橫空出世2020年底，AlphaFold2(DeepMind公司開(kāi)發(fā)的AI程序)在CASP14(第14屆蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)猜測(cè)競(jìng)賽)中將蛋白結(jié)構(gòu)猜測(cè)準(zhǔn)確性從40分提高到92.4分，完成了原子精度或者接近原子精度的結(jié)構(gòu)猜測(cè)，震驚生物界。用于高通量試驗(yàn)篩選的化合物庫(kù)有哪些？

酶聯(lián)免疫吸附酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)是狠常用的實(shí)驗(yàn)辦法之一，可檢測(cè)和定量如抗體、蛋白質(zhì)等物質(zhì)。但該辦法存在靈敏度低等缺陷，能夠經(jīng)過(guò)削減樣品體積，增加操控和吞吐量等辦法優(yōu)化。氧化應(yīng)激已被證實(shí)參與許多病理生理過(guò)程，而抗氧化防御系統(tǒng)中的幾個(gè)要害酶，包括血紅素加氧酶1(HO-1)、超氧化物歧化酶(SOD)和谷胱甘肽s-轉(zhuǎn)移酶(GST)等，首要受到Keap1和Nrf2調(diào)控，所以作用于Keap1-Nrf2的抑制劑被認(rèn)為是醫(yī)治慢性氧化和炎癥應(yīng)激的重要途徑。什么是高通量藥物篩選呢？藥物表型篩選

什么是高內(nèi)在藥物篩選？中藥化合物庫(kù)篩藥

熒光共振能量轉(zhuǎn)移熒光共振能量轉(zhuǎn)移適用于檢測(cè)兩個(gè)蛋白質(zhì)之間親和力的改變，或因其結(jié)合構(gòu)象的改變引起的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用方式的改變。熒光共振能量轉(zhuǎn)移中來(lái)自熒光供體的能量經(jīng)過(guò)偶極-偶極相互作用被受體吸收，而其中能量轉(zhuǎn)移的效率很大程度上取決于供體和受主之間的光譜重疊，以及它們之間的距離和相對(duì)方向。YoshitomoShiroma團(tuán)隊(duì)經(jīng)過(guò)構(gòu)建DNAstrandexchangefluorescenceresonanceenergytransfer(DSE-FRET)體系，對(duì)NF-κB特定亞型抑制劑進(jìn)行挑選，從32914種化合物中，獲得了RelA特異性抑制劑。經(jīng)過(guò)這種挑選方法，甚至能區(qū)分NF-κB的詳細(xì)某個(gè)亞基。中藥化合物庫(kù)篩藥